Investigadores

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Francisco Cubillos
francisco.cubillos.r@usach.cl

 

Tópicos

  1. 1. Natural variation
  2. 2. Micotoxins
  3. 3. Quantitative genetics

Papers 2011 - 2016

  1. 1. Kessi-Pérez EI, Araos S, García V, Salinas F, Abarca V, Larrondo LF, Martínez C & Cubillos FA. 2016. RIM15 antagonistic pleiotropy is responsible for differences in fermentation and stress response kinetics in budding yeast. FEMS Yeast Research. Aceptado
  2. 2. Salinas F, de Boer CG, Abarca V, García V, Cuevas M, Araos S, Larrondo LF, Martínez C, Cubillos FA. 2016. Natural variation in non-coding regions underlying phenotypic diversity in budding yeast. Scientific Reports, srep21849
  3. 3. Cubillos FA*, Stegle O, Grondin C, Canut M, Tisne S, Gy I & Loudet O. 2014. Extensive cis-Regulatory Variation Robust to Environmental Perturbation in Arabidopsis. Plant Cell 26(11):4298-4310
  4. 4. Valdes J, Tapia P, Cepeda P, Varela J, Godoy L, Cubillos FA, Silva E, Martínez C & Ganga A. Draft genome sequence and transcriptome analysis of the wine spoilage yeast Dekkera bruxellensis LAMAP2480 provides insights into genetic diversity, metabolism and survival. FEMS microbiology letters 361(2): 104-106
  5. 5. Jara M*, Cubillos FA*, García V, Salinas F, Aguilera O, Liti G & Martínez C. 2014. Natural variation in the central nitrogen metabolism in fermenter yeasts. PLoS ONE 9(1): e86533
  6. 6. Coustham V, Vlad D, Deremetz A, Gy I, Cubillos FA, Kerdaffrec E, Loudet O & Bouché N. 2014. SHOOT GROWTH1 Maintains Arabidopsis Epigenomes by Regulating IBM1. PLoS ONE 9 (1), e84687
  7. 7. Cubillos FA*, Parts L*, Salinas F, Bergström A, Scovacicricchi E, Zia A, Illingworth CJ, Mustonen V, Ibstedt S, Warringer J, Louis EJ, Durbin R† & Liti G†. 2013. High-Resolution Mapping of Complex Traits with a Four-Parent Advanced Intercross Yeast Population. Genetics. 195(3):1141-55
  8. 8. Liti G, Nguyen Ba A, Blythe M, Müller C, Bergström A, Cubillos FA, Dafhnis-Calas F, Khoshraftar S, Malla S, Mehta N, Siow C, Warringer J, Moses A, Louis EJ* & Nieduszynski C*. 2013. High Quality de novo Sequencing and Assembly of the Saccharomyces arboricolus genome. BMC Genomics. 14 (1), 69
  9. 9. Salinas F, Cubillos FA, Soto D, García V, Bergström A, Warringer J, GangaA, Louis EJ, Liti G* & Martinez C*. 2012. The Genetic Basis of Natural Variation in Oenological Traits in Saccharomyces cerevisiae. PLoS ONE. 7 (11), e49640
  10. 10. Cubillos FA*, Yansouni J*, Khalili H, Balzergue S, Elftieh S, Martin-Magniette ML, Serrand Y, Lepiniec L, Baud S, Dubreucq B, Renou JP, Camilleri C§ & Loudet O§. 2012. Expression variation in connected     recombinant populations of Arabidopsis thaliana highlights distinct transcriptome architectures. BMC Genomics. Mar 27;13:117
  11. 11. Zörgö E, Gjuvsland A, Cubillos FA, Louis EJ, Liti G, Blomberg A, Omholt SW & Warringer J. 2012. Life history shapes trait heredity by promoting accumulation of loss-of-function alleles in yeast.Molecular Biology Evolution.Jul;29(7):1781-9
  12. 12. Cubillos FA, Coustham V & Loudet O. 2012. Lessons from eQTL mapping studies: non-coding regions and their role behind natural phenotypic variation in plants. Current Opinion in Plant Biology. Apr;15(2):192-8
  13. 13. Warringer J, Zörgö E, Cubillos FA, Zia A, Gjuvsland A, Simpson J, Forsmark A, Durbin R, Omholt S, Louis EJ, Liti G, Moses A & Blomberg A. 2011. Trait variation in yeast is defined by population history. PLoS Genetics. Jun;7(6):e1002111
  14. 14. Parts L, Cubillos FA, Warringer J, Jain K, Salinas F, Bumpstead S, Molin M, Zia A, Simpson J, Quail M, Moses A, Louis EJ, Durbin R & Liti G. 2011. Revealing the genetic structure of a trait by sequencing a population under selection. Genome Research, Jul;21(7):1131-8
  15. 15. Cubillos FA, Billi E, Zörgö E, Parts L, Fargier P, Omholt S, Blomberg A, Warringer J, Louis EJ & Liti G. 2011. Assessing the complex architecture of polygenic traits in diverged yeast populations. Molecular Ecology, Apr;20(7):1401-13

Proyectos actuales

  1. 1. Proyecto Núcleo Milenio de Biología Fúngica Integrativa y Sintética - Investigador Joven
  2. 2. Proyecto FONDECYT Regular - "Identification of natural genetic variants underlying nitrogen assimilation diversity in yeast", Co-investigador
  3. 3. Proyecto FONDECYT de Iniciación - "Quantitative genetic analysis of the response to mycotoxins in yeast", Investigador Responsable
  4. 4. Proyecto de Intercambio Programa de Cooperación Científica ECOS/CONICYT - Convocatoria 2013 "Identification of allelic variants underlying Nitrogen Metabolism in yeast through an integrative BS-RNA seq approach". Investigador Responsable

veronica_garcia1

Verónica García
veronica.garcia@usach.cl

Tópicos

  1. 1. Patógenos de alimentos
  2. 2. Genética de Levaduras
  3. 3. Norovirus
  4. 4. Campylobacter jejuni

Papers 2011 - 2016

  1. 1. María Angélica Ganga, Francisco Salinas, Cristina Ravanal, Verónica García, Carolina Carrasco Claudio Martínez, Jorge Saavedra. (2011).Cinnamic acid, ethanol and temperature interaction on coumarate decarboxylase activity and the relative expression of the putative cd gene in D. bruxellensis. Electronic J. Biotechnol. ISSN: 0717-3458
  2. 2. García, V., Rivera, J., Contreras, A., Ganga, MA., Martínez, C.(2012). Development and characterization of hybrids from native wine yeasts. Braz. J. Microbiol.43: 482-489
  3. 3. A. Contreras, V. García,F. Salinas,U. Urzúa, M. A. Ganga, C. Martínez.(2012). Identification of genes related to nitrogen uptake in wine strains of Saccharomyces cerevisiae. World J. Microbiol. Biotechnol. 28:1107-1113
  4. 4. Salinas FCubillos FASoto D,  Garcia VBergström AWarringer JGanga MALouis EJLiti GMartinez C. (2012).The genetic basis of natural variation in oenological traits in Saccharomyces cerevisiae. PLoS One. 7: e49640. doi: 10.1371/journal.pone.0049640
  5. 5. MP Sangorrín, V García, CA Lopes, JS Saez, C Martínez and MA Ganga. (2013).Molecular and physiological comparison of spoilage wine Yeasts. J. Appl. Microbiol. 114: 1066—1074
  6. 6. Martínez, C., García, V., González, D., Jara, M., Aguilera, M., Ganga, MA. (2013).Gene expression of specific enological traits in wine fermentation. Electronic Journal of Biotechnology 16:1-8
  7. 7. Matías Jara, Francisco A. Cubillos, Verónica García, Francisco Salinas, Omayra Aguilera, Gianni Liti and Claudio Martínez. (2014). Mapping Genetic Variants Underlying Differences in the Central Nitrogen Metabolism in Fermenter Yeasts. PLoS ONE 9(1): e86533. doi:10.1371/journal.pone.0086533
  8. 8. Liliana Godoy, Verónica García, Rubén Peña, Claudio Martínez, Ma Angélica Ganga. (2014). Identification of the Dekkera bruxellensis phenolic acid decarboxylase (PAD) gene responsible for wine spoilage. Food Control 45: 81-86
  9. 9. Claudio Martínez, Angela Contreras, Omayra Aguilera, Angelica Ganga, Veronica García. (2014). The ICY1 gene from Saccharomyces cerevisiae affects nitrogen consumption during alcoholic fermentation. Electronic Journal of Biotechnology 17: 150–155
  10. 10. Kessi-Pérez EI, Araos S, García V, Salinas F, Abarca V, Larrondo LF, Martínez C & Cubillos FA. 2016. RIM15 antagonistic pleiotropy is responsible for differences in fermentation and stress response kinetics in budding yeast. FEMS Yeast Research. Aceptado
  11. 11.Salinas F, de Boer CG, Abarca V, García V, Cuevas M, Araos S, Larrondo LF, Martínez C, Cubillos FA. 2016. Natural variation in non-coding regions underlying phenotypic diversity in budding yeast. Scientific Reports, srep21849

Proyectos actuales

  1. 1. Proyecto FONDECYT de Iniciación - Study of the mechanisms of action of the effectors proteins of Campylobacter jejuni
  2. 2. FIA - Extracción de enzimas proteasicas de origen vegetal de especies nativas de Chile como sustituto de cuajo animal en la fabricación de quesos (colaborador)

293868e

Felipe Guevara
felipe.guevara.p@usach.cl

Tópicos

  1. 1. Microbiología Industrial
  2. 2. Investigación, desarrollo e Inovación (I+D+I)

Papers 2011 - 2016

  1. 1. Díaz-Barrera A, Martínez F, Guevara Pezoa F, Acevedo F (2014) Evaluation of Gene Expression and Alginate Production in Response to Oxygen Transfer in Continuous Culture of Azotobacter vinelandii. PLoS ONE 9(8): e105993. doi:10.1371/journal.pone.0105993
  2. 2. Pacheco-Leyva I, Guevara Pezoa F, Díaz-Barrera A (2016) Alginate Biosynthesis in Azotobacter vinelandii: Overview of Molecular Mechanisms in Connection with the Oxygen Availability. International Journal of Polymer Science, vol. 2016, Article ID 2062360, 12 pages. doi:10.1155/2016/2062360

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Claudio Martínez
claudio.martinez@usach.cl

Tópicos

  1. 1. Genética de levaduras vínicas
  2. 2. Genética de Poblaciones

Papers 2011 - 2016

  1. 1. Ganga, M.A., Salinas, F., Ravanal, C., García, V., Carrasco, C., Martínez, C. and Saavedra, J. 2011. Cinnamic acid, ethanol and temperature interaction on coumarate decarboxylase activity and the relative expression of the putative cd gene in D. bruxellensis. E. J. Biotech. 14(5) (DOI: 10.2225/vol14-issue5-fulltext-2)
  2. 2. Mercado L., Sturm M.E., Rojo M.C., Ciklic I., Martínez C., Combina M. 2011. Biodiversity of Saccharomyces cerevisiae populations in Malbec vineyards from the “Zona Alta del Río Mendoza” region in Argentina. International J. Food Microbiology. 151:319-326. (doi:10.1016/j.ijfoodmicro.2011.09.026)
  3. 3. Contreras, A., García, V., Salinas, F., Urzúa, U., Ganga, M. A. and Martínez, C. 2012. Identification of genes related to nitrogen uptake in wine strains of Saccharomyces cerevisiae. World J. Microbiol. Biotechnol. 28:1107-1113
  4. 4. Yáñez, L., Saavedra, J., Martínez, C., Córdova, A. and Ganga, M. A. 2012. Chemometric Analysis for the Detection of Biogenic Amines in Chilean Cabernet Sauvignon Wines: A Comparative Study between Organic and Nonorganic Production. J. Food Sci. 77:143-150. doi: 10.1111/j.1750-3841.2012.02796.x
  5. 5. García, V., Rivera, J., Contreras, A., Ganga, M. A. Martínez, C. 2012. Development and characterization of hybrids from native wine yeasts. Brazilian Journal of Microbiology. 43:482-489
  6. 6. Salinas, F., Cubillos, F.A., Soto, D., Garcia, V., Bergström, A., Warringer, J., Ganga, M.A., Louis, E., Liti, G., Martinez, C. 2012 The genetic basis of natural variation in oenological traits in Saccharomyces cerevisiae. PLoS ONE 7(11): e49640. (doi:10.1371/journal.pone.0049640)
  7. 7. Vaca I., Faúndez C., Maza F., Paillavil B., Hernández V., Acosta F., Levicán G., Martínez C., Chávez R. 2013. Cultivable psychrotolerant yeasts associated with Antarctic marine sponges. World Journal Microbiology and Biotechnology. 29:183-189. (doi: 10.1007/s11274-012-1159-2)
  8. 8. Sangorrín, M., Garcia, V., Lopes, C., Saéz, J., Martínez, C., Ganga, M.A. 2013. Molecular and physiological comparison of spoilage wine yeast of different geographic origins. Journal Applied Microbiology. 114:1066-1074. (doi: 10.1111/jam.12134)
  9. 9. Martínez, C., García, V., González, D., Jara, M., Aguilera, M., Ganga, M.A. Gene expression of specific enological traits in wine fermentation. 2013. Electronic Journal Biotechnology. 16(4). (doi: 10.2225/vol16-issue4-fulltext-8)
  10. 10. Godoy, L., Varela, J., Martínez C., Ganga, MA. 2013. The effect of hydroxycinnamic acids on growth and H+-ATPase activity of the wine spoilage yeast Dekkera bruxellensis. African Journal of Microbiology Research. 7: 5300 -5305
  11. 11. Jara, M., Cubillos, F., García, V., Salinas, F., Aguilera, O., Liti, G., Martínez, C. 2014. Mapping genetic variants underlying differences in the central nitrogen metabolism in fermenter yeasts. PLoS ONE. 9(1):e86533. doi:10.1371/jurnal.pone.0086533
  12. 12. Godoy, L., García, V., Peña, R., Martinez C., Ganga, MA. Identification of the Dekkera bruxellensis phenolic acid decarboxylase (PAD) gene responsable for wine spoilage. 2014. Food Control. 45: 81-86.(doi:10.1016/j.foodcont.2014.03.041)
  13. 13. García, V., Contreras, A., Aguilera, O., Ganga, M.A., Martínez, C. 2014. The ICY1 gene from Saccharomyces cerevisiae affects nitrogen consumption during alcoholic fermentation. Electronic Journal Biotechnology. 17(4):150-155
  14. 14. Valdes, J., Tapia, P., Cepeda, V., Varela, J., Godoy, L., Cubillos, F., Silva, E., Martínez, C., Ganga, MA. 2014. Draft genome sequence and transcriptome analysis of the wine spoilage yeast Dekkera bruxellensis LAMAP2480 provides insights into genetic diversity, metabolism and survival. FEMS Microbiology Letters. 361:104-106. (10.1111/1574-6968.12630)
  15. 15. Coronado, P., Aguilera, S., Carmona, L., Godoy, L., Martínez, C. and Ganga, M. A. 2015. Comparison of the behavior of Brettanomyces bruxellensis strain LAMAP L2480 growing in authentic and synthetic wine. Antonie van Leeuwenhoek. 107(5):1217-1223. DOI: 10.1007/s10482-015-0413-7
  16. 16. Sturm, M., Assof, M., Fanzone, M., Martinez, C., Ganga, M., Jofré, V., Ramirez, L., Combina, M. 2015. Relation between coumarate decarboxylase and vinylphenol reductase activity with regard to the production of volatile phenols by native Dekkera bruxellensis strains under 'wine-like' conditions. Int. J. Food Microbiol. 206:51-55. (doi: 10.1016/j.ijfoodmicro.2015.04.023)
  17. 17. Kessi-Pérez, E., Araos, S., Garcia, V., Salinas, F., Abarca, V., Larrondo, L., Martinez, C., Cubillos, F. 2016. RIM15 antagonistic pleiotropy is responsible for differences in fermentation and stress response kinetics in budding yeast. FEMS Yeast Research. (Aceptado)
  18. 18.Salinas, F., de Boer, C., Abarca, V., Garcia, V., Cuevas, M., Araos, S., Larrondo, L., Martinez, C., Cubillos, F. 2016. Natural variation in non-coding regions underlying phenotypic diversity in budding yeast. Scientific Reports. 6:21849 (doi:10.1038/srep21849)
  19. 19. Gonzalez, A., Silva, A., Gajardo, G., Martinez, C. 2016. Survival and Growth Improvement of Palm Ruff, Seriolella violacea Larvae Fed Artemia Nauplii Enriched with an Experimental Emulsion. Journal of the World Aquaculture Society. (En revisión)

Projectos en curso

  1. Investigador Patrocinante del Proyecto "Evaluación de la respuesta de Dekkera bruxellensis a ácidos débiles y análisis comparativo de la expresión génica" - Financiado por Fondecyt Postdoctorado
  2. Investigador Proyecto de Intercambio Programa de Cooperación Científica ECOS/CONICYT C13B02 -  "Identification of allelic variants underlying Nitrogen Metabolism in yeast through an integrative BS-RNA seq approach"
  3. Investigador proyecto FONDEF DO9I1256 "La dieta viva Artemia: Un recurso local estratégico para la sustentabilidad, bio-seguridad y costo-efectividad del programa de diversificación de la acuicultura chilena"
  4. Investigador Patrocinante del Proyecto "Nitrogen Assimilation Differences Between Industrial Yeast Strains".   Financiado por Fondecyt Postdoctorado. 3150159
  5. Investigador Proyecto de Colaboración Internacional i-Link (España). "Bases fisiológicas y moleculares de la utilización de nitrógeno durante la fermentación alcohólica". I-Link 0946. Financiado por Ministerio de Economía y Competitividad. España
  6. Investigador principal proyecto FODECYT "Identification of natural genetic variants underlying nitrogen assimilation diversity in yeast". 1150522
  7. Investigador Principal proyecto Conicyt/Mincyt. "Microbiología de mostos y vinos". PCCI140020
  8. Investigador Proyecto "Creación de valor en el cultivo de quínoa mediante el uso del follaje como materia prima de productos agroindustriales" - Financiado por Gobierno Regional. Región de O’Higgins

jose luis palacios

Jose Luis Palacios
jose.palacios@usach.cl

Tópicos

  1. 1. Apoyo a los laboratorios de asistencia técnica y responsable de vincular a CECTA-USACH con empresas del rubro de alimentos e instituciones públicas relacionadas. Así mismo, asesorar a empresas y apoyar a investigadores en la generación de proyectos de I+D+i, esto es: detectar necesidades en I+D, redactar proyectos de investigación, postular proyectos a fondos concursables, y gestionar la ejecución de proyectos Universidad-Empresa

Areas de trabajo

  1. 1. Gestión y Transferencia I+D
  2. 2. Inocuidad Alimentaria

Proyectos en curso

  1. 1. "Habilitación de Productores Hortícolas de la Región Metropolitana para la Elaboración de Productos IV Gama"
  2. 2. Rol en el Proyecto: Director Alterno (Coordinador Técnico)
  3. 3. Años Inicio y Término  del Proyecto: 2015 - 2017
  4. 4. Fuente de Financiamiento: FICR-2015, Región Metropolitana de Santiago
  5. 5. "Valorización Agroindustrial de Subproductos de la Quínoa"
  6. 6. Rol en el Proyecto: Asesor actividades de laboratorio
  7. 7. Años Inicio y Término  del Proyecto: 2015 - 2018
  8. 8. Fuente de Financiamiento: FICR-2015, Región del Libertador Bernardo O'Higgins
  9. 9. "Biopesticida en Base a Saponinas Extraídas de Quínoa"
  10. 10. Rol en el Proyecto: Asesor actividades de laboratorio
  11. 11. Años Inicio y Término  del Proyecto: 2015 - 2018
  12. 12. Fuente de Financiamiento: FICR-2015, Región del Libertador Bernardo O'Higgins
  13. 13. "Enzima de Origen Antártico con Actividad Beta-galactosidasa, Altamente Eficiente en Deslactosar Leche a Baja Temperatura"
  14. 14. Rol en el Proyecto: Director alterno
  15. 15. Años Inicio y Término  del Proyecto: 2015 - 2017
  16. 16. Fuente de Financiamiento: FONDEF ID14I10098

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